通過(guò)基因和化石結(jié)合研究探尋水稻的起源（神秘的地球uux.cn報(bào)道）據(jù)光明網(wǎng)-時(shí)評(píng)頻道（張?zhí)锟?科普專欄作家）：作為“綠色超級(jí)稻項(xiàng)目”的一部分，“全球3000份水稻核心種質(zhì)資源重測(cè)序計(jì)劃”（3K–RG）于2011年9月由中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院、基因究探國(guó)際水稻研究所（IRRI）和華大基因共同啟動(dòng)。和化合研長(zhǎng)沙高端美女上門外圍上門外圍女（電話微信180-4582-8235）提供全球及一二線城市兼職美女上門外圍上門外圍女2014年5月，石結(jié)3000份水稻基因組測(cè)序初始數(shù)據(jù)于“世界饑餓日”公開(kāi)發(fā)布于美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心（NCBI）、尋水日本生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)（DDBJ）、起源華大基因大數(shù)據(jù)期刊（GigaScience）、通過(guò)阿里云等數(shù)據(jù)庫(kù)，基因究探全球共享。和化合研
現(xiàn)在，石結(jié)3K-RG項(xiàng)目再獲新進(jìn)展。尋水近日，起源國(guó)際頂級(jí)期刊《自然》（Nature）在線發(fā)表了綠色超級(jí)稻項(xiàng)目首席科學(xué)家、通過(guò)中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所黎志康博士等人完成的基因究探最新成果，剖析了水稻核心種質(zhì)的和化合研長(zhǎng)沙高端美女上門外圍上門外圍女（電話微信180-4582-8235）提供全球及一二線城市兼職美女上門外圍上門外圍女基因組遺傳多樣性，對(duì)水稻的起源、基因、分類和進(jìn)化規(guī)律有了全新的更深入的認(rèn)知。
一個(gè)新的重大成果是重新奪回了中國(guó)對(duì)水稻命名的部分話語(yǔ)權(quán)，恢復(fù)了歷史的真實(shí)。1928年，日本學(xué)者加藤茂范通過(guò)雜交等手段發(fā)現(xiàn)了秈稻和粳稻的區(qū)別。當(dāng)時(shí)，加藤把秈稻稱為“印度型”（Oryza sativa L. subsp. indica Kato），把日本栽培極廣的粳稻稱為“日本型”（Oryza sativa L. subsp. japonica Kato）。自此，秈稻和粳稻在國(guó)際上就一直沿用“indica”和“japonica”命名至今。
然而，中國(guó)科學(xué)家對(duì)代表了全球水稻種質(zhì)約95%多樣性的核心種質(zhì)的3010株水稻的基因組研究表明，這種命名并不符合實(shí)際情況，既是對(duì)秈、粳稻長(zhǎng)久以來(lái)的誤稱，也不利于深入了解水稻的栽培歷史和機(jī)理。
中國(guó)研究人員把過(guò)去研究的水稻品種由傳統(tǒng)的5個(gè)群體增加到9個(gè)，分別是東亞（中國(guó)）的秈稻、南亞的秈稻、東南亞的秈稻和現(xiàn)代秈稻品種等4個(gè)秈稻群體，東南亞的溫帶粳稻、熱帶粳稻、亞熱帶粳稻等3個(gè)粳稻群體，以及來(lái)自印度和孟加拉的Aus和香稻。
根據(jù)研究結(jié)果，中國(guó)研究人員首次提出，水稻的秈、粳亞種是獨(dú)立的和多地起源，要求恢復(fù)恢復(fù)使用秈（Oryza sativa subsp. xian）、粳（Oryza sativa subsp. geng）亞種的正確命名。所謂恢復(fù)是指，中國(guó)人早在2000多年前的漢代就已提出秈、粳稻的分類和命名。盡管這一正名受到加藤茂范等人過(guò)去命名的制約，但科研結(jié)果顯然更能說(shuō)服重視證據(jù)的《自然》編輯及文章審稿人。也因此，這一顛倒的歷史終于得到學(xué)術(shù)（科學(xué)）界的正名，為未來(lái)的國(guó)際社會(huì)正名奠定了基礎(chǔ)。
中國(guó)研究人員對(duì)水稻起源研究的結(jié)果提出了一個(gè)重要的假說(shuō)，即水稻的秈、粳亞種是獨(dú)立的和多地起源。如同人類起源一直有著一地（非洲）起源和多地區(qū)起源的爭(zhēng)論一樣，水稻的起源也一直存在一地（中國(guó)）和多地區(qū)起源的爭(zhēng)論。解決這種爭(zhēng)論當(dāng)然要靠科學(xué)研究的證據(jù)，而科學(xué)的證據(jù)主要在于實(shí)物（化石）和基因組兩類證據(jù)缺一不可的共同證明。
在實(shí)物證據(jù)上，水稻的中國(guó)起源說(shuō)一直有新證據(jù)。最近，中國(guó)科學(xué)院古脊椎動(dòng)物與古人類研究所的植物考古學(xué)家采用植硅體分析方法，在位于浙江省龍游縣的荷花山遺址中找到了距今1萬(wàn)多年前野生稻存在以及逐漸被馴化的證據(jù)，從土壤剖面中提取的植硅體來(lái)自一些野生稻葉片和稻殼。其中，在稻葉的扇形植硅體上，可以清晰地看見(jiàn)一種變化的趨勢(shì)：年代越近，它們的數(shù)量越多、尺寸越大、魚(yú)鱗狀紋飾越多。
據(jù)此，研究人員再次認(rèn)定，水稻的起源和馴化是在中國(guó)的長(zhǎng)江中下游地區(qū)。水稻在中國(guó)推廣種植后，很快傳到東亞近鄰國(guó)家。大約在3000多年前的殷周之交，中國(guó)水稻傳至朝鮮、日本，南傳越南。到了漢代，中國(guó)粳稻傳到菲律賓。公元5世紀(jì)，水稻經(jīng)伊朗傳到西亞，然后經(jīng)非洲傳到歐洲、美洲以至全世界。
不過(guò)，這只是由實(shí)物證據(jù)獲得的假說(shuō)，并無(wú)基因組的證據(jù)支持。現(xiàn)在，中國(guó)研究人員從基因組獲得的證據(jù)則提出，無(wú)論是秈、粳稻亞種都是獨(dú)立多地起源。研究人員對(duì)來(lái)自全球的3010株水稻的基因組測(cè)序后，一共檢測(cè)到2900萬(wàn)個(gè)高質(zhì)量單核苷酸多態(tài)性（SNP，主要指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性），240萬(wàn)個(gè)小片段插入缺失，首次發(fā)現(xiàn)亞洲栽培稻品種間中存在9萬(wàn)個(gè)微細(xì)結(jié)構(gòu)變異（包括易位、缺失、倒位和重復(fù)），同時(shí)發(fā)現(xiàn)了1.2萬(wàn)個(gè)全長(zhǎng)新基因和數(shù)千個(gè)不完整的新基因。
研究人員再次挑選出453份測(cè)序深度較高的水稻樣本分析核心基因家族和分散式基因家族，獲得12770個(gè)（62.1%）核心基因家族和9050個(gè)（37.9%）分散式基因家族，從而得出秈、粳稻亞種都是獨(dú)立多地起源的假說(shuō)。
顯然，目前的基因組測(cè)序結(jié)論和實(shí)物（化石）結(jié)論有差異，因此需要未來(lái)對(duì)這兩種證據(jù)進(jìn)行整合，同時(shí)補(bǔ)充證據(jù)，才能得出更可靠和令人信服的結(jié)論。
中國(guó)研究人員的水稻基因組測(cè)序結(jié)果，同時(shí)對(duì)提高和保證糧食安全起到了更為重要的加速作用。3010份品種的基因組測(cè)序完成為育種專家提供了一種選種和栽培優(yōu)良稻種的可視地圖，使其可以快速地選擇適合不同地理環(huán)境的品種，如耐淹、耐旱、抗蟲(chóng)、抗倒伏等特性，不用再像以前一樣靠經(jīng)驗(yàn)、靠大量組合去試驗(yàn)新品種。
水稻基因組檢測(cè)結(jié)果也同樣能糾正以前的一些片面認(rèn)知，如認(rèn)為核心基因?qū)Ξa(chǎn)量、性狀、口味等很重要，而分散式基因不重要。但基因測(cè)序發(fā)現(xiàn)恰恰相反，核心基因不重要，分散式基因才重要，通過(guò)基因數(shù)據(jù)庫(kù)就可以在短時(shí)間內(nèi)確定哪些品種有什么特性。
因此，從本質(zhì)上看，基因組測(cè)序不僅能追溯水稻起源，更能糾正過(guò)去的錯(cuò)誤認(rèn)知，加速選種育種，滿足人們對(duì)水稻品種的多樣化需求。
作者:綜合
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